თანამედროვე ისტორიკოსებმა ვერ დაადგინეს ემელიან პუგაჩოვის დაბადების ზუსტი თარიღი. ერთადერთი ინფორმაცია, რაც ჩვენამდე მოვიდა, არის შემდეგი: 1774 წლის 4 ნოემბერს დაკითხვისას მან თქვა, რომ ოცდაათი წლის იყო. 1773-1775 წლების გლეხთა ომის ცნობილი ატამანი დაიბადა სოფელ ზიმოვეისკაიაში (დონის არმიის რაიონი). მისი მამა ფერმერი იყო, დედა კი კაზაკთა ოჯახიდან იყო. სოფელში ის დაქორწინდა სოფია ნედიუჟევაზე.
ქორწილისთანავე პუგაჩოვი ემელია ფრონტზე გაგზავნეს. შვიდწლიანი ომის დროს პრუსიაში მსახურობდა. მან ილია დენისოვისგან მიიღო მარშის ატამანის თანამდებობა. 1768-1770 წლების თურქეთის ომის დროს საოცარი სიმამაცით გამოირჩეოდა. ბენდერის მამაცი ალყის შემდეგ ემელიან პუგაჩოვმა მიიღო კორნეტის წოდება.
ალბათ ტრავმების ან ავადმყოფობის გამო, მომავალი მეამბოხე გადადგომას ითხოვს, მაგრამ მას უარს ეუბნებიან. ვაჟკაცი გაქცევას გადაწყვეტს. სამჯერ დაიჭირეს დეზერტირი, მაგრამ ისევ მიიმალა. 1792 წელს ბოლო ფრენის დროს პუგაჩოვი ჩერნიგოვის მახლობლად დასრულდა, სადაც შეხვდა ძველ მორწმუნეებს. მათგან ის გადადის იაიკში. აქ, კაზაკთა სოფელში, ემელიან პუგაჩოვი აწყობს თავის პირველ აჯანყებას. განიცადავერ მოხერხდა, ამიტომ დააკავეს. ასეთი მძიმე დანაშაულისთვის - სახელმწიფო ღალატის გამო - მას უვადო შრომა სჯიან. განაჩენს ხელს აწერს პირადად იმპერატრიცა ეკატერინე II. მაგრამ პუგაჩოვი ისევ გარბის.
კარგი ჯარისკაცის გზამ კვლავ მიიყვანა იაიცკის სტეპებამდე, შეხვედრამდე მის ძმებთან - წარუმატებელი აჯანყების მონაწილეებთან. ამ შეხვედრების დროს კაზაკებმა მას სასწაულებრივად გადარჩენილი იმპერატორ პეტრე III-ის ტიტული მიანიჭეს და ახალი აჯანყების სათავეში დააყენეს, რომელმაც არნახული მასშტაბები შეიძინა. ამის შემდეგ ახლადშექმნილი მონარქი გამოაცხადებს საკუთარ პოლიტიკურ პროგრამას, რომლის მიხედვითაც რუსეთი გახდება კაზაკ-გლეხური სახელმწიფო. "მუჟიკ მეფემ" უნდა მართოს ქვეყანა.
ახალი ომი იმპერიის წინააღმდეგ დაიწყო 1773 წლის 17 სექტემბერს. ახალი მეფის არმია მიიწევდა აღმოსავლეთისკენ, გამუდმებით ივსებოდა ჯარისკაცებით. გაქცეული ჯარისკაცები, გლეხები და კაზაკები, რომელთა რიცხვი დაახლოებით ათი ათასი ადამიანი იყო, უდავოდ უსმენდნენ თავიანთ მთავარს. აჯანყებულებმა ალყა შემოარტყეს და აიღეს ორენბურგი. ემელიან პუგაჩოვი აყალიბებს საკუთარ შტაბს, სამხედრო კოლეგიას და საიდუმლო დუმას. გენერალ კარზე გამარჯვების შემდეგ, აჯანყება მოიცავს მეზობელ რეგიონებს: ყაზანისა და ტობოლსკის პროვინციებს. მოძრაობის წევრები აწყობენ არეულობას უფაში, ეკატერინბურგში, სამარაში, კუნგურსა და ჩელიაბინსკში.
1774 წლის იანვარში იმპერიულმა სასამართლომ გაგზავნა გენერალი ბიბიკოვი აჯანყების ჩასახშობად. 1774 წლის 22 მარტს სასტიკ ბრძოლებში გოლიცინის კორპუსმა მოახერხა მატყუარას დამარცხება ტატიშჩევის ციხესიმაგრეში. მარცხი ელოდა ემელიანს დააპრილში სამარასთან ახლოს. უფროსი გარბის გადარჩენილ მეომრებთან ერთად ახალი ძალების შესაგროვებლად. ემელია პუგაჩოვი, რომლის ბიოგრაფია სავსეა გამარჯვებებითა და მარცხებით, კვლავ აღძრავს აჯანყებას. მაგრამ იღბალმა მას ზურგი აქცია. მძიმე მარცხებმა სამების ციხესიმაგრეში, ყაზანისა და ცარიცინის მახლობლად, აიძულა უკან დაეხია. უკან დაიხიეთ, რათა ხალხი ისევ აღზარდოთ.
არ არის ცნობილი, რამდენ ხანს გაგრძელდებოდა ეს ომი, თუ ახალი მეფის მსახურებს შორის მოღალატეები არ არსებობდნენ. დამარცხებით დაქანცულებმა შეიპყრეს ატამანი და ხელისუფლებას გადასცეს. ისევ სცადა გაქცევა, მაგრამ უშედეგოდ. სახიფათო კრიმინალის მოსკოვში მიტანას პირადად სუვოროვი ახორციელებდა. პუგაჩოვი დედაქალაქში მიიყვანეს რკინის გალიაში უხრწნელი მცველების ესკორტით. 1775 წლის 10 იანვარს გაბედული სიკვდილით დასაჯეს ბოლოტნაიას მოედანზე.