ივანე საშინელის გარდაცვალების შემდეგ "უსახელმწიფო" დროს, ავადმყოფ და სუსტ ფიოდორთან, ბიჭებმა დაიწყეს ღია ბრძოლა ძალაუფლებისთვის. მათგან ყველაზე ძლიერი იყო ყოფილი ოპრიჩნიკი გოდუნოვი. თეოდორეს გარდაცვალების შემდეგ, პატრიარქმა იობმა შეკრიბა ზემსკი სობორი ახალი სუვერენის ასარჩევად. ამ ტაძარში შეიკრიბნენ პატრიარქის საბჭო, ბოიარ დუმა და მოსკოვის მომსახურე ხალხი და კომერციული და ინდუსტრიული მოსახლეობის წარმომადგენლები. ყველაზე სავარაუდო კანდიდატები იყო ორი ადამიანი: ცარის სიძე ბორის ფიოდოროვიჩ გოდუნოვი და ცარ ფიოდორის ბიძაშვილი, ნიკიტა რომანოვიჩის უფროსი ვაჟი - ფიოდორ ნიკიტიჩ რომანოვი.
ბორის გოდუნოვის მეფობის წლები რუსეთის სახელმწიფოს ისტორიაში რთულ პერიოდში დადგა. ეს იყო პერიოდი 1598 წლიდან 1605 წლამდე. ფაქტობრივად, მომავალი მეფე ხელისუფლებაში უკვე ივანე საშინელის ავადმყოფი ვაჟის, ფიოდორის ქვეშ იყო.
ბორის გოდუნოვის მეფობა ორაზროვნად დაიწყო. 1598 წლის თებერვალში საბჭომ ბორისს ტახტი შესთავაზა, მაგრამ მან უარი თქვა. იმისათვის, რომ იგი დათანხმებულიყო, მოეწყო რელიგიური მსვლელობა ქალწულის მონასტერში, სადაც ბორისი თავის დასთან ერთად იმყოფებოდა. მომავალი მეფე იძულებული გახდა ტახტზე ასვლაზე დათანხმებულიყო. ამრიგად, გოდუნოვის არჩევა პოპულარული იყო. თუმცა, ამავე დროსითვლებოდა, რომ იგი ფარულად მიმართავდა მუქარას და მოსყიდვას ამის მისაღწევად.
ბორისი სამეფოზე მხოლოდ 1 სექტემბერს დაქორწინდა, ხალხის არჩევნების სიძლიერეში დარწმუნებული. ბორის გოდუნოვის მეფობა მთელ სიგრძეზე გამოირჩეოდა განსაკუთრებული სიფრთხილით. მას ეშინოდა მისი ძალაუფლების მცდელობის, გაანადგურა ყველა ბიჭი, ვინც მასზე ეჭვი ეპარებოდა. მისი ნამდვილი მეტოქე იყო მხოლოდ ფედორ ნიკიტიჩ რომანოვი, რის შედეგადაც ყველა რომანოვი გაასამართლეს სუვერენის წინააღმდეგ შეთქმულების ბრალდებით. ბიჭებს არ მოსწონდათ მეფე, თვლიდნენ მას საშინელების მემკვიდრედ დიდგვაროვნების დევნით.
ბორის გოდუნოვის მეფობა იყო ფიოდორის პოლიტიკის გაგრძელება, უფრო სწორად ის, რაც გოდუნოვმა მის დროს გააკეთა. ის ყველანაირად ცდილობდა გროზნოს ეპოქაში დარღვეული ხალხის კეთილდღეობის აღდგენას. საგარეო პოლიტიკაში ის ცდილობდა შეტაკებების თავიდან აცილებას, ახალი ომებისგან თავის შეკავებას. ზრუნავდა სამართლიანობის გაძლიერებაზე, სურდა ხალხისთვის კარგი სუვერენული ყოფილიყო. მან მართლაც ბევრი სარგებელი მისცა უბრალო ხალხს. ზედიზედ სამი წლის განმავლობაში, 1601 წლიდან, მოსავლის უკმარისობა მოხდა, რამაც გამოიწვია მასიური შიმშილით სიკვდილი. ბორისმა მოაწყო პურის უფასო დარიგება მშიერთათვის სამეფო ხაზინიდან, დაიწყო დიდი შენობები დედაქალაქში ხალხის შემოსავლის მისაღებად.
ბორის გოდუნოვის მეფობას თან ახლდა შიმშილობა, ძარცვა, მაგრამ ეს მისი ბრალი არ იყო. თუმცა ამან ხელი შეუწყო მეფისადმი უკმაყოფილების ზრდას. შიმშილს მეორე უბედურება მოჰყვა - სახალხო აჯანყება თვითგამოცხადებული ცარევიჩ დიმიტრისთვის. ამ ბრძოლის დროს ბორისგოდუნოვი მოულოდნელად გარდაიცვალა (1605).
გოდუნოვი დიდ მნიშვნელობას ანიჭებდა ევროპულ განათლებას. მეფე დაუკავშირდა ტექნოლოგიებისა და მედიცინის დარგის უცხოელ სპეციალისტებს, ნებით წაიყვანა ისინი საჯარო სამსახურში. მან ახალგაზრდები გაგზავნა უცხო ქვეყნებში, გეგმავდა მოსკოვის სკოლების მოწყობას უცხო გზით. მან უცხოური მოდელის მიხედვით ჩამოაყალიბა გერმანელთა სამხედრო რაზმი. გოდუნოვის დროს მოსკოვის მთავრობა აშკარად მიიპყრო განმანათლებელ დასავლეთთან მჭიდრო კონტაქტებისა და ევროპული ცოდნის ასიმილაციისკენ.
ასე რომ, ბორის გოდუნოვის მეფობა მოკლედ არის აღწერილი ისტორიკოსების უმეტესობის მიერ. ბევრს ეჭვი ეპარება, რამდენად კანონიერად მოიპოვა მან ძალაუფლება, მიაჩნია, რომ მისი ხელნაკეთობა იყო საშინელის უმცროსი ვაჟის, ცარევიჩ დიმიტრის მკვლელობა უგლიჩში.